Возникло в начале 1870-х гг. сначала как военное, но позже приобрело статус первого городского кладбища. Тогда сюда перенесли разрозненные могилы русского Ташкента. Имелись также карты для иудейских, католических и протестантских захоронений.

Кладбище закрыто уже больше пятидесяти лет, сейчас здесь хоронят лишь в оградку к могилам близких.

Сегодня Боткинское кладбище — архитектурно-культурная достопримечательность, по которой можно изучать целые пласты истории не только Ташкента. В этом плане огромную поисково-изыскательскую работу совершают энтузиасты группы «Память о ташкентцах», собирая по крупицам биографии тех, кто в разное время обрёл здесь вечный покой.